Βασικός στόχος της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου για το άμεσο και το μακροπρόθεσμο μέλλον είναι η ανάσχεση όλων των αρνητικών τάσεων. Όσο η οικονομική βάση συρρικνώνεται και ο πληθυσμός φθίνει, τα πράγματα χειροτερεύουν ποσοτικά και ποιοτικά, με αποτέλεσμα να γίνεται όλο και πιο δύσκολη η ανατροπή των αρνητικών δεδομένων. Είναι επίσης απαραίτητο να δοθεί ιδιαίτερη βαρύτητα στο ανθρώπινο δυναμικό και να ανακοπεί ο ρυθμός μετανάστευσης που παρουσιάζεται στα δυναμικότερα στοιχεία του πληθυσμού. Σε διαφορετική περίπτωση διαγράφεται ο κίνδυνος να απορφανιστούν οι τοπικές κοινωνίες από τα δημιουργικότερα στοιχεία τους σε τέτοιο βαθμό ώστε να μην μπορούν να επωφεληθούν από τις δυνατότητες ανάπτυξης που παρουσιάζονται. Έτσι, ενόψει του 21ου αιώνα η Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου καλείται να αντιμετωπίσει συγκεκριμένες προκλήσεις για την ανάπτυξή της και να λάβει υπόψη της τις μέχρι τώρα εξελίξεις σε διεθνές επίπεδο, σε επιμέρους τομείς όπως π.χ.:
Τις εξελίξεις στην ελληνική οικονομία συνολικά (π.χ. χαμηλός πληθωρισμός, περιορισμός των ελλειμμάτων του Δημοσίου Τομέα, πτώση των επιτοκίων κλπ.), καθώς και τις εξελίξεις μετά την ένταξη της χώρας στην ΟΝΕ, οι οποίες μπορούν να επηρεάσουν θετικά την ανάπτυξη της Περιφέρειας, αλλά και τις αντιλήψεις που αφορούν την ποιότητα ζωής, την προστασία και διαχείριση του φυσικού και ανθρωπογενούς περιβάλλοντος. Ξεχωριστή πρόκληση για την Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου αποτελεί το Γ’ Κ.Π.Σ., αφού η κατάλληλη αξιοποίησή του, μπορεί να λειτουργήσει καταλυτικά στην κατεύθυνση ανάπτυξης της περιοχής. Η πρόκληση αυτή αποκτά ιδιαίτερη σημασία αν συνυπολογίσουμε την πιθανότητα το γ’ πακέτο να είναι και η τελευταία πηγή διαθέσιμων πόρων από τα διαρθρωτικά ταμεία. Με βάση τα παραπάνω, ως γενικός αναπτυξιακός στόχος της Περιφέρειας υιοθετείται η ανατροπή της τάσης δημογραφικής και οικονομικής συρρίκνωσης μέσα από τη βελτίωση της ελκυστικότητας και της ανταγωνιστικότητάς της. Η ανάδειξη νέων συγκριτικών πλεονεκτημάτων, συμβατών με τις συνθήκες που επικρατούν στο παγκοσμιοποιημένο οικονομικό σύστημα και με τις νέες αξίες που αναδύονται μαζί με τον 21ο αιώνα όπως η αειφορία και η ποιότητα ζωής, αποτελεί προϋπόθεση για την επίτευξη του στόχου. Παράλληλα η διαμόρφωση διακριτής ταυτότητας της Περιφέρειας, η οποία θα αναδείξει τα συγκριτικά της πλεονεκτήματα – με κυρίαρχα στοιχεία την ποιότητα υπηρεσιών και προϊόντων, αλλά και την πολιτισμική της διάσταση – και θα τα καταστήσει βασικά χαρακτηριστικά ελκυστικότητας και ανταγωνιστικότητας. Ο γενικός αυτός στόχος εξειδικεύεται: